امام رضا علیه السلام، در طول زندگی خود با جریان های مختلفی روبرو بوده و با هر کدام برخوردهای مناسب همان جریان آغاز نمود.

امام رضا علیه السلام، در طول زندگی خود با جریان های مختلفی روبرو بوده و با هر کدام برخوردی مناسب همان جریان آغاز نمود. از جمله زمینه های مبارزه آن حضرت، مناظراتی بوده که ایشان با علمای مذاهب گوناگون داشته است. هرچند این جلسات به درخواست مامون تشکیل می گردید، اما امام رضا با ورود قوی در این مناظرات، علاوه بر ناکام گذاشتن مامون در هدف خود ٓکه عبارت از تضعیف جایگاه امام بود سایر فرق موجود در جامعه اسلامی را نیز محکوم می نمود. تا جایی که همه به علم و دانش آن امام شهادت دادند و لقب عالم آل محمد به ایشان اختصاص پیدا کرد.
از جمله جریان هایی که امام از ابتدای زندگانی خود تا انتها با آن به مقابله پرداخت و سرانجام توسط همان جریان به شهادت رسید، جریان حکومت بود. البته مقابله حضرت با حکومت در زمان مامون جدی تر گردید. چرا که هارون هیچ تعرض جدی ای به امام رضا نداشت. شاید این مسئله ناشی از ترس هارون از عواقب به شهادت رساندن موسی بن جعفر علیهماالسلام بود. دوران حکومت امین نیز به علت درگیری بین دو برادر، فرصت چندانی برای تعرض به امام وجود نداشت. اما مامون علاوه بر پیروزی بر رقیب خود، سیاست و کیاست بالایی داشت و به این منظور با عبرت گرفتن از گذشتگان خود مبارزه ای جدی را علیه شیعه به راه انداخت. اما علی بن موسی الرضا علیهماالسلام با درایت و تیزبینی او را در اهداف خود ناکام گذاشت.

اما جریان دیگری که امام با ایشان مبارزه می نمود، جریان واقفیه بود. شاید این مهم ترین مبارزه امام به حساب می آمد. چرا که افرادی که مورد اطمینان امام موسی کاظم بودند، بعد از شهادت ایشان از تبعیت از امام رضا سرباز زدند و فرقه ای انحرافی را در جامعه شیعی به وجود آوردند. سردمداران واقفیه همه از وکلای امام موسی بودند که اموال زیادی را به وکالت از امام در اختیار داشتند.(1) اما بعد از شهادت ایشان حاضر به تحویل دادن اموال به امام رضا نشده و برای انحراف خود فلسفه بافی نمودند. بهانه ایشان برای این امر این بود که امام موسی علیه السلام شهید نشده است بلکه برای مدتی از میان جامعه غایب شده است(2).
از جمله جریان های دیگر، مذاهب گوناگونی بودند که در جامعه اسلامی آن روز وجود داشتند. از میسحیان و یهودیان گرفته تا زنادقه و کسانی که هیچ خدایی را قبول نداشتند. امام رضا علیه السلام در مناظراتی که توسط مامون برگزار گردید همه ایشان را محکوم نمود تا جایی که کسی در مقابل ایشان یارای مباحثه نداشت. حتی خود مامون نیز به علم امام رضا اعتراف کرد.
مهم ترین این مناظرات را باید مناظره ای دانست که فضل بن سهل ٓمشاور مامون  تشکیل داد. مناظره ای  که در آن از مذاهب و فرقه های گوناگون حاضراند. بخش اول این مناظره بین امام و جاثلیق(3) واقع شده است. امام رضا طبق تعهدی که در اول مناظره می دهد، تنها از تورات و انجیل برای اثبات حقایق استفاده می کند. نتیجه این بخش از مناظره محکومیت جاثلیق است. تا جایی که او  مجبور می شود ٓبرخلاف عقاید مسیحیت به یگانگی خداوند شهادت داده(4) و اعتراف می کند که گمان وجود چنین عالمی را در بین مسلمین نمی برده است(5).

بخش بعدی مناظره با شخصی به نام رأس الجالوت بوده است. کسی که به عنوان دانشمندترین عالم یهودی آن دوران به این جلسه دعوت شده است. راس جالوت که پیش از این نیز برای استشهاد علیه جاثلیق مورد خطاب واقع شده بود، اکنون خود شخص اصلی مناظره است. در این بخش نیز امام متعهد است که از غیر از کتب مورد قبول او سخنی نیاورد. نتیجه این مناظره نیز این است که راس الجالوت راهی برای قبول نکردن نبوت حضرت مسیح و حضرت محمد صلی الله علیه و آله ندارد(6). 
شخص بعدی که به مناظره با امام دعوت می شود، هرمز بزرگ است که از دانشمندان زردشتی است. او نیز سریع محکوم می شود. سپس امام خطاب به جمع می فرماید:
«یَا قَوْمِ إِنْ كَانَ فِیكُمْ أَحَدٌ یُخَالِفُ الْإِسْلَامَ وَ أَرَادَ أَنْ یَسْأَلَ فَلْیَسْأَلْ؛ ای مردم! اگر کسی از شما در مخالفت اسلام سخنی دارد و می خواهد، بپرسد»(7).